這兩個病還是有區別的。兩者最大的不同在於過敏性咳嗽只是咳嗽感受器敏感性增加，病變通常不累計氣管支氣管，咳嗽雖劇烈，但往往不會出現氣緊的表現，氣道反應性不高，肺功能通常是正常的。
而咳嗽變異性哮喘則不同，咳嗽變異性哮喘本質仍然是哮喘，也可認為是輕度哮喘，病變累及氣管、支氣管，肺功能檢查會有異常，氣道反應性明顯升高，在咳嗽時往往有氣緊的情況。
兩者過敏源檢測都可是陽性。都可出現抗感染治療無效的長期慢性咳嗽。
主要區別在於是否有氣道高反應性，病變是否累計下呼吸影響肺功能。
在治療上，糖皮質激素都是有效的，這也是為甚麼過敏性咳嗽按咳嗽變異性哮喘治療有效。過敏性咳嗽單用抗過敏藥物治療往往就有效。咳嗽變異性哮喘雖然也與過敏有關，但是單用抗過敏藥物治療效果不好，需要使用支氣管擴張藥物和糖皮質激素霧化治療，糖皮質激素霧化治療是哮喘治療的基石。
另外，咳嗽變異性哮喘由於是氣道慢性炎症，在沒有症狀是也需要小劑量激素霧化治療，而過敏性哮喘僅僅需要對症治療即可，症狀緩解後即可停止治療。
及時使用同樣的藥物，霧化治療也有差別，過敏性咳嗽由於病變並不在下呼吸道，激素霧化顆粒可以大於5um，普通超聲霧化即可，而咳嗽變異性哮喘霧化需要將顆粒打碎到5um以下。氣體壓縮霧化、大流量氧氣霧化是必要選擇。
