大蒜素具有較強的抗菌消炎作用，對多種球菌、桿菌、真菌、病毒等均有抑制或殺滅作用。大蒜素對多種致病菌如葡萄球菌、腦膜炎、肺炎雙球菌、鏈球菌及白喉、痢疾、大腸杆 菌、傷寒、副傷寒、百日咳、結核桿菌和霍亂弧菌等都有明顯 的抑制或殺滅作用。
可治療急性菌痢、百日咳、嬰兒腹瀉、大 葉性肺炎、肺結核、傷口化膿、沙眼等。大蒜素抗菌的原理 是由於大蒜素分子中的氧原子與細菌生長繁殖所必需的半胱 氨酸分子中的巰基相結合而抑制了細菌的生長和繁殖。
大蒜素對多種致病真菌包括白色念珠菌有抑制或殺滅作用。低濃度時主要抑制真菌生長，高濃度時可完全殺死真菌。
臨床已用於治療隱球菌腦膜炎、肺部及消化道真菌感染、白色念珠菌毒血癥、白色念珠菌引起的小兒消化不良、真菌性角膜炎、新生兒鵝口瘡、頭癬等。
大蒜素的抗真菌機制是：通過 對巰基的氧化使蛋白質滅活;對含巰基的化合物如胱氨酸、谷胱氨酸發生競爭性抑制;非競爭性地抑制真菌內某些酶的活性。
鉅細胞病毒(CMV)感染是導致骨髓移植失敗和患者死亡的主要原因之一，至今缺乏有效的防止措施。臨床研究發現大 蒜素對骨髓移植者併發人鉅細胞病毒感染有明顯的防治作用 。
隱孢子蟲(Crypt0sp0ridium)是一種新發現的病原體，可引起 嬰幼兒腹瀉，對隱孢子蟲所致腹瀉，現尚無特效藥，國內試 用大蒜素治療取得了較好療效。大蒜素能有效殺傷弓形蟲速 殖子，可抗弓形蟲感染、特別是抗弓形蟲病復發的作用較明顯 。
大蒜素的二丙烯基二硫醇溶液對乙肝病毒表面抗原的破壞率達43.5%，證明大蒜素對乙肝病毒表面抗原有一定的破壞作用。大蒜素還具有抗原蟲滴蟲作用，經臨床驗證對阿米巴痢疾、滴蟲性陰道炎有很好的治療作用。
