過敏原使機體釋放組織胺，組織胺是可以引起一系列過敏症狀的最主要物質。當過敏者與過敏物質接觸後，體內會產生免疫球蛋白E(IgE)。IgE形成後就吸附在嗜鹼性細胞表面 ，使機體致敏。當再次接觸同一過敏物質後，該物質和 IgE結合，激活了嗜鹼性細胞內的酶，釋放出組胺、慢反應物質等介質，作用於某些組織，而引起一系列症狀。
過敏性鼻炎的發生主要與遺傳性的過敏體質以及接觸過敏原有關。患有過敏性鼻炎的人群大多有過敏家族史，但近年由於工業化進程的加快，大氣汙染加劇，使有些原本非過敏性體質的人也演變成過敏性體質。此外，過敏性鼻炎的發生還需要接觸過敏原，常見的過敏原有：花粉、塵蟎、真菌、動物皮屑等吸入性過敏原以及牛奶、蝦蟹等食入性過敏原。
