甲減可以危害到全身的各個系統——
內分泌系統：腎上腺皮質功能偏低、血和尿皮質醇降低。
心血管系統：心率緩慢、心音低弱、心臟呈普遍性擴大等。
消化系統：食慾減退、便秘、腹脹、甚至出現麻痺性腸梗阻、半數左右的患者有完全性胃酸缺乏。
精神神經系統：記憶力減退、智力低下、反應遲鈍、多瞌睡、精神抑鬱、有時多慮有精神質表現、嚴重者發展為猜疑性精神分裂症。
生殖系統：男性可出現性功能低下，性成熟推遲、副性徵落後，性慾減退、陽痿和睪丸萎縮。女性可有月經不調、經血過多或閉經，無論對男女病人的生育都會產生影響。
肌肉與關節系統：常感肌肉疼痛、僵硬、骨質代謝緩慢、骨形成與吸收均減少、關節不靈、有強直感、受冷後加重、有如慢性關節炎、偶見關節腔積液。
