1、食用人群禁忌
瑪卡有食用禁忌人群，一般來說更適合成年人食用，而未成年人以及孕婦、哺乳期的婦女則最好不要食用。
科研人員認為，1-3歲的嬰幼兒不適合食用瑪卡，這是因為嬰幼兒最好食用母乳，瑪卡嬰幼兒難以消化和吸收;哺乳期婦女、孕婦不適合吃瑪卡，瑪卡可能會對孩子產生影響，雖然目前這種影響沒有臨床驗證，但是哺乳期婦女、孕婦最好不要食用瑪卡。
甲狀腺患者不適宜吃瑪卡，這是因為瑪卡中有一種叫硫代葡萄糖甙的化合物，由於飲食中或多或少都有一些碘攝入，而硫代葡萄糖甙結合碘可能會導致甲狀腺腫脹，這對甲狀腺疾病患者會產生一系列影響。
2、食用搭配禁忌
吃瑪卡時最好不要與其他滋補品、營養品同時食用。這是因為瑪卡已經是非常滋補的食物了。如果在吃瑪卡的時候吃其他滋補品、營養品可能會抵消瑪卡的作用，而且瑪卡中獨有生物鹼瑪卡烯和瑪卡酰胺可以通過腦下垂體調節人體激素分泌，而現在的好多食品中含有激素，這不利於瑪卡功效的發揮。
吃瑪卡的禁忌之最好不要和具有壯陽功效的產品同時食用。營養師指出，每一種壯陽保健品都會有它獨特的功效，瑪卡也是如此。
一般來說，因為瑪卡是藥食兩用的食物，個別在治療期或者身體狀況特殊的人食用瑪卡時要諮詢醫生。
