慢性病的危害主要是造成腦、心、腎等重要臟器的損害，易造成傷殘，影響勞動能力和生活質量，且醫療費用極其昂貴，增加了社會和家庭的經濟負擔。
由於某些慢性疾病，病理解剖、生理特點的變化，都會導致性功能受到損害的。
除此之外專家介紹，性功能障礙有時往往並不是單一的疾病，很多疾病都可能會直接或間接的造成性功能障礙。比如有些患脫髓鞘病變(如多發性硬化)時，常使經中樞神經系統的傳出衝動和傳入衝動受到損害，因而引起男性陽痿或女性性慾高潮缺失。又如，某些妨礙盆腔血液供應的疾患，由於性器官血管的充血作用(這對男女雙方的性反應都十分重要)發生障礙，這些疾病都是可以直接對性功能造成影響。
許多疾患可間接地影響性功能。例如，慢性阻塞性肺疾患病人，可能因缺氧十分嚴重，以致不能耐受性生活時的需氧增加;慢性關節炎病人可能因體位和活動受限而難於進行性交;極度肥胖(肥胖症)的人也可因機械性障礙，性器官不能接觸而無法性交。凡是出現疲乏、軟弱無力的任何疾患，都可能影響男性或女性的性興奮，正如在疲乏時不願參加其它形式的體力活動—樣。凡是有疼痛、發燒、全身不適、食慾不振、皮膚髮疹等症狀的疾患，都可能使患者對性生活的興趣減少，甚至出現性功能減退。
