許多婦女尤其是未婚婦女錯誤地認為，藥物流產不是手術、不會傷身體。實際上，藥物流產與負壓吸宮流產一樣，都是人為干預妊娠的生理過程，在一定程度上會損害婦女的健康。
(1)感染。婦女服用抗孕藥物後，子宮腔內的胚囊組織可在當天排出，有時妊娠組織物排出不全，子宮復舊欠佳，陰道出血時間較長，可持續2～3周，甚至1～2個月。長期慢性失血可引起貧血，使身體抵抗力下降。這時，細菌往往由陰道逆行，而引起子宮內膜炎症。
(2)不全流產。有的婦女用藥後因不完全流產，影響子宮收縮及子宮內膜創面的修復，使陰道流血量明顯增多，超過平時月經量的2～3倍，嚴重者還可出現大出血，導致貧血、休克，此時需輸血、並急診手術刮宮止血等。
(3)對再次妊娠的影響。未婚婦女如多產、反覆流產，可造成子宮內膜反覆受損。妊娠時，易發生前置胎盤，可引起產前產時大出血，也有些婦女由於多次人工流產而出現習慣性流產，甚至繼發不孕。
(4)月經失調。藥物可以抑制卵巢的功能，影響卵泡的生長髮育甚至排卵。個別婦女藥物流產後，可發生月經失調，表現為月經週期縮短或延長，月經量增多。
因此，藥物流產雖然相對安全有效，但是仍有少數情況出現不良反應及嚴重併發症。而且國家衛生部是對藥物流產的部門有資格限定的，藥房不得私自出售藥物流產藥物，否則以違法論處。因此建議意外妊娠婦女不要自行藥物流產，一定要到正規醫院就診，應愛惜自己的健康，愛惜自己的生命。
