咖啡含有咖啡因，進入體內後會促使交感神經興奮，因而消除睡意、改善血液循環，身體也感覺暖和起來，不覺得疲勞，所以有“提神”效果。
但是交感神經受到刺激、興奮，對食慾卻有負面作用，亦即食慾會減低，因此在餐前喝咖啡會不想吃東西。另外，由於胃部受到刺激而胃液分泌增加，刺激空胃，對胃潰瘍等患者不利。這可以說是咖啡的負面作用。但是在餐後飲用，則因為胃液分泌會增加，所以對消化有幫助。因此在餐後飲用就絕對沒有問題。
另外，有人認為加點牛奶飲用可以緩和其刺激作用，但是，少量牛奶到底能發生多少中和咖啡因的作用，除非是一半牛奶一半咖啡，調成咖啡牛奶或牛奶咖啡，或許有點效果。譬如早餐時喝的咖啡牛奶，由於牛奶比咖啡多，雖然空胃飲用，仍有緩和胃液的作用。
最理想的是吃過飯後再喝，那就有益而無害了。好處之一是預防過敏症發作。由於過敏系副交感神經興奮而引起氣喘或過敏性鼻炎，如果能促使交感神經興奮，抑制副交感神經，就有助於防止發作。尤其嚴重的過敏症患者，一些輕微的誘因即可引起身體不適，加上心理上對過敏的恐懼，往往一發不可收拾。所以建議利用咖啡因的長處，在過敏症、氣喘即將要發作時(患者自己感覺得到)預先喝杯咖啡，頗有預防作用。這除了咖啡因的興奮功效外，患者心理上有“已經喝了咖啡”的安全感，也比較不會發作。
