胃腸功能紊亂起病多緩慢，臨床表現以胃腸道症狀為主，胃神經官能症的患者多表現為：反酸、噯氣、厭食、噁心、嘔吐、劍突下灼熱感、食後飽脹、上腹不適或疼痛，每遇情緒變化則症狀加重。腸神經官能症又稱腸易激綜合徵，為胃腸道最常見的功能性疾病。以腸道症狀為主，患者常有腹痛、腹脹、腸鳴、腹瀉和便秘、左下腹痛時可捫及條索狀腫物，腹痛常因進食或冷飲而加重，在排便、排氣、灌腸後減輕。腹痛常伴有腹脹、排便不暢感或排便次數增加，糞便可稀可乾等症狀。過去稱此為結腸功能紊亂、結腸痙攣、結腸過敏、痙攣性結腸炎、黏液性結腸炎、情緒性腹瀉等。
起病大多緩慢，病程常經年累月，呈持續性或有反覆發作。臨床表現以胃腸道症狀為主，可侷限於咽、食管或胃，但以腸道症狀最常見，也可同時伴有神經官能症的其他常見症狀。
