1. 內分泌失調：胚胎著床及繼續發育依賴於複雜的內分泌系統彼此協調，任何一個環節失常，都可致流產，其中最常見的是黃體功能不良，黃體功能不全可造成子宮內膜發育遲緩和黃體期短，從而影響受精卵的種植，或早期妊娠流產。
2. 免疫因素：妊娠宮內的胚胎或胎兒實屬同種異體移植，因為胎兒是父母的遺傳物質的結合體和母體不可能完全相同。母一胎間的免疫不適應而引起母體對胎兒的排斥。
3. 生殖道感染：除以上各種因素外，感染所致孕早期流產愈來愈受到國內外學者的重視。妊娠早期嚴重的TDRCH感染可引起胚胎死亡或流產，較輕感染亦可引起胚胎畸形。
4. 子宮異常：由於子宮缺陷引起的流產約佔10%~15%
5. 染色體異常：染色體異常多導致胚胎不發育而致早期流產。染色體異常包括數量和結構異常，數量上的異常可分為非整倍體和多倍體，最常見的異常核型為三倍體，而16三體又佔1/3，常有致死性。21三體中有25~67%，13三體中有4一50%，18三體中有6~33%必然流產。
6. 環境因素。妊娠期生理狀態的改變、使母體對治療藥物和各種環境有害物質的吸收、分佈和排洩發生了較大的改變，在發育初期，胚胎對治療藥物和環境因素的影響極為敏感，此時各種有害因素都可導致胚胎的損傷、甚至丟失。
