尿蛋白作為獨立因素參與腎臟病變過程，尿蛋白還可損害腎臟。具體表現在以下幾個方面：
1.尿蛋白對腎小球乳頭狀細胞有毒性作用，患者進入腎衰竭後會有大量的血漿蛋白沉積在腎小球乳頭狀區域，這些大分子在乳頭狀區域的沉積可引起乳頭狀細胞損傷，乳頭狀細胞增生，乳頭狀基質生成增加，導致腎小球硬化；
2.尿蛋白可損傷腎小管間質，正常腎小球過濾的少量小分子蛋白被接近的腎小管上皮細胞重吸收並在溶酶體中分解。在病理狀態下，腎小球通透性增加使大量血漿蛋白漏出到腎小管腔內，近端腎小管上皮細胞對白蛋白的過度重吸收導致胞漿內溶酶體活性增加，從而導致細胞損傷；
3、大量蛋白尿增加腎小管對蛋白的重吸收，促進氨的產生增加，這在腎組織間質病變的進行中也起作用。此外，大量蛋白質的重吸收和消化需要額外的能量，可引起腎小管細胞缺氧和氧自由基生成增加，造成腎小管細胞損傷。
