直腸脫垂的病因尚不完全明瞭，認為與多種因素有關。
1.解剖因素
發育不良幼兒、營養不良患者、年老衰弱者，易出現肛提肌和盆底筋膜薄弱無力;小兒骶骨彎曲度小、過直;手術、外傷損傷肛門直腸周圍肌或神經等因素都可減弱直腸周圍組織對直腸的固定、支持作用，直腸易於脫出。
2.腹壓增加
如便秘、腹瀉、前列腺肥大、慢性咳嗽、排尿困難、多次分娩等，經常致使腹壓升高，推動直腸向下脫出。
3.其他
內痔、直腸息肉經常脫出，向下牽拉直腸黏膜，誘發黏膜脫垂。
目前，引起直腸完全脫垂有以下兩種學說。①滑動疝學說 因腹腔內壓力增高及盆底組織鬆弛，直腸膀胱陷凹或直腸子宮陷凹處直腸前腹膜反折部被推向下移位，將直腸前壁壓入直腸壺腹，最後脫出肛門外。②腸套疊學說 套疊始於直腸乙狀結腸交界處，在腹壓增加，盆底鬆弛等因素影響下，套疊部分不斷下移，最終使直腸由肛門外脫出。
