腎結石的成因和膽結石不同。
(1)腎結石病因可分為原發性、其他疾病及與飲食習慣有關。那腎結石的危害有嗎?它對人體是有危害的。由於腎結石最常見的成份為草酸鈣，一般人的觀念總以為攝取過量的鈣會加速腎結石產生。然而有充份的證據指出，對許多腎結石患者而言，低鈣飲食和高結石率有關聯，反之亦然。
其他的腎結石成份如磷酸銨鎂、尿酸、磷酸鈣以及胱胺酸(一種氨基酸)等，也可以是以上各種成份的混合物。磷酸銨鎂結石的成因是有一些細菌在尿液中繁殖，並分解尿素作為養份，結果產生銨，並使尿液呈鹼性。能分解尿素的細菌中，最常見的是變形桿菌，其他尚有克列勃菌、沙雷氏菌、Providencia等屬的細菌。尿液中的銨會使小便發出氨水一般的臭味，而結石體積較大呈鹿角形。
(2)膽道系統主要是為了行使運送、貯存、濃縮以及排洩膽汁的作用，因此倘若膽道系統本身解剖生理構造或者膽汁成分有所變異，則會在膽道系統任何部位形成固體結晶的膽結石，甚至造成膽道阻塞，更進一步刺激膽道系統衍生癌症病變。膽結石的形成與不良的習慣關係密切，常見的原因有：喜靜少動、身體肥胖、飲食過量、不吃早餐等，多孕多產的婦女更容易患膽結石。
