全身治療
1.可根據病情口服、肌注或靜滴抗生素。
2.中藥理氣舒腸方治療：
(1)慢性期體虛無力，以排粘液為主。常用方劑有：太子參、炙黃芪、白朮、甘草、罌慄殼、白芍、石榴皮、明礬，水煎內服，1日2次。
(2)慢性直腸炎急性發作時，予以清熱解毒、潤腸通便。裡急後重，便次多者用枳實導滯丸清理蕩積。
局部治療
直腸粘膜水腫者，可用生理鹽水、鞣酸、高錳酸鉀溶液灌洗直腸。粘膜糜爛者，可塗醋酸可的松溶液或硝酸銀溶液。括約肌、肛提肌痙攣者，可將溫橄欖油注入直腸內。直腸粘膜萎縮變幹者，可每晚於 直腸內注入薄荷油適量。臨床上，用蜂蜜、芝麻油和黃黴液，隔一天交替保留灌腸，每天2次，有很好的療效
建議：對直腸炎長期患者或反反覆覆的患者，建議可以採用中藥理氣舒腸方進行治療，同時注意一下飲食習慣。
用藥水
楊酸偶氮磺胺類藥物：一般用水揚酸偶氮磺胺吡啶(簡稱SASP)作為首選藥物，適用於輕型或重型經腎上腺糖皮質激素治療已有緩解者，療效較好。
腎上腺糖皮質激素
適用於暴發型或重型患者，可控制炎症，抑制自體免疫過程，減輕中毒症狀，有較好療效。常用氫化考地松，或地塞米松每日靜脈滴注，療程7-10天，症狀緩解後改用強的松龍口服，病情控制後，遞減藥量，停藥後可給水楊酸偶氮磺胺吡啶，以免復發。
直腸炎最主要是局部外用給藥或者保留灌腸，還可根據情況配合中藥內服。
外用灌腸，內服永倉訶苓止瀉膠囊、麗珠腸樂，點滴青黴素和甲消唑等。
禁忌辛辣刺激、油膩、生冷食物。
患者應到正規的肛腸醫院取藥。所取藥物種類有，西米替丁、錫類散、加上氧氟沙星或者甲硝唑(這兩個交替灌腸)灌腸治療。另外，一定要禁菸，酒，辛辣食物，同時按療程服用永倉訶苓止瀉膠囊。
