一、細菌感染。由於肛管直腸部位是“排汙”的重要通道，細菌非常容易侵入肛隱窩、肛門腺導管和肛門腺體，造成感染髮病，逐漸形成膿腫，破潰而為肛瘻;
二、肛周膿腫。肛周膿腫是導致肛瘻的主要因素之一。由於糞便滯留肛隱窩，引起肛腺炎，導致肛周膿腫，患者常不予以重視，肛周膿腫破潰後，膿液排出，膿腔逐漸縮小，外部破潰口和切口也縮小，腔壁形成結締組織增生的堅硬管道壁，即成瘻管，肛瘻由此形成。
三、結核桿菌、放線菌。感染形成膿腫，克隆氏病等難以自愈而形成特殊性肛瘻。
四、直腸肛門損傷、外傷。來自消化道的骨性異物、金屬、肛表及肛門窺器檢查損傷肛管直腸，細菌侵入傷口即可引起肛周膿腫，不及時治療，都可導致肛瘻。
