1、內口位置不正確
內口是肛瘻的感染源，腸腔內的致病菌正是從內口進入肛周，引起肛周膿腫和肛瘻，一般位於肛門內3～4cm的直腸與肛管交界處。外口是感染病灶的潰瘍口，大多在肛緣外，但也有少數病例在肛門內。肛瘻手術成敗的最重要因素是對內口的準確定位和對內口的充分切開。
2.掛線技術盲目人工造內口
掛線技術是一種中醫治療方法，是目前臨床治療肛瘻最重要的方法，其原理是利用粘線的彈性收縮，慢性切斷管壁，打開瘻管進行治療。其主要原因是：不僅痛苦大，癒合時間長，對肛門括約肌損傷重，而且複發率高。
3、主病灶不開放
甚麼是主病灶？主病灶，根據瘻管不同部位對治療的重要性，我們把瘻管分為主病灶和分支。主要病灶是指來自內口和與內口相連的肛管段的瘻管，還有伴隨著肛門內外括約肌的瘻管。在治療中，必須對主要病灶進行切開。外口和與之相連的瘻管被稱為分支，只要它們被引流，就不需要打開。其結果是，傷口永遠不會癒合，或暫時癒合，然後塌陷復發。
4、漏支
肛瘻手術打開主灶很重要，分支引流同樣重要，如果在手術中漏支而沒有處理，也會造成手術的失敗，這種情況發生在複雜的肛瘻和病程長的複發性肛瘻。複雜性肛瘻的分支多，瘻管彎曲，複發性肛瘻的瘢痕較重，很難找到分支，手術中容易遺漏，形成殘留的竇道，術後會反覆感染。
5.術後假性癒合
術後換藥是肛瘻手術治療的一個重要環節。肛瘻的治療是一個漫長的過程，在這個過程中，我們需要不斷地學習，不斷地總結，不斷地總結，不斷地總結，不斷地總結，不斷地總結，不斷地總結，不斷地總結。這就是為甚麼不僅要用油沙條填塞瘻管腔，而且要用油沙分離斷端兩側的肛管皮膚。
