1.腹痛：腹痛本病常見症狀之一，疼痛多位於右下腹，反映出腸結核好發於回盲部的病理特徵，然而也可在中上腹或臍周，系回盲部病變引起的牽涉痛，經仔細檢查可發現右下 腹壓痛點。疼痛性質一般為隱痛或鈍痛，有時在進餐時誘發，由於回盲部病變使胃迴腸反射或胃結腸反射亢進，進食促使病變腸曲痙攣或蠕動加強，從而出現疼痛與排便，便後可有不同程度的緩解。在增生型腸結核或併發腸梗阻時有腹絞痛，常位於右下腹，伴有腹脹、腸鳴音亢進、腸型與蠕動波。
2.腹瀉與便秘：腹瀉是潰瘍型腸結核的主要臨床表現之一。排便次數因病變嚴重程度和範圍不同而異，一般每日2～4次，重者每日達10餘次。不伴有裡急後重。糞便呈糊樣，一般不含黏液或膿血，重者含少量黏液、膿液，但便血少見。有時患者會出現腹瀉與便秘交替，這與病變引起的胃腸功能紊亂有關。增生型腸結核多以便秘為主要表現。
3.腹部腫塊：主要見於增生型腸結核，系極度增生的結核性肉芽腫使腸壁呈瘤樣腫塊。在少數潰瘍型腸結核合併有侷限性結核性腹膜炎者，因其病變腸曲和周圍組織粘連，或包括 有腸繫膜淋巴結結核，也可現腹部腫快。腹部腫塊常位於右下腹，一般比較固定，中等質地，伴有輕重不等的壓痛。
4. 嘔吐：結核性小腸狹窄或腸繫膜淋巴結核壓迫十二指腸第二、三段，導致腸梗阻，可發生嘔吐，有時為反射性嘔吐。
5. 全身症狀和腸外結核的表現：結核毒血癥引起全身症狀多見於潰瘍型腸結核。表現為不同熱型的長期發熱，伴有盜汗。患者倦怠、消瘦、貧血，隨病程發展而出現維生素缺乏等營養不良的表現。可同時有腸外結核特別是活動性肺結核的臨床表現。增生型腸結核病程較長，全身情況一般較好，無發熱或有時低熱。多不伴有腸外結核表現。
