治療初期：將口腔內所有髒東西儘量去除，包括病人本身口腔衛生清潔的完全配合，包括牙刷及牙線等，清潔工具的正確使用。而後以全口超音波洗牙，牙周囊袋深部結石的刮除及牙根整平術，去除不良物、咬合干擾等。
手術期：比較嚴重的患部，尤其牙周囊袋較深之處，需做牙周翻瓣術，方能徹底將結石及病變組織清除。牙周手術是一種局部而又安全的手術。
局部麻醉下，將牙齦稍微翻開，牙周深部的結石、肉牙組織徹底清除，若有骨損失，可配合放置牙周再生膜及人工骨粉使破壞的骨組織再生，達到積極重建牙周組織的目的。
持久期：再經歷上述的治療後，通常花了三個月至半年的時間，投注了這麼多的時間與心力於其上，維持成果是極其重要的。除了要長期不間斷地做口腔清潔外，應依醫師指示，定期回診檢查，以充分掌握牙周及口腔情況。
1.局部治療
(1)沽治：控制菌斑，去除局部刺激物，用沽刮術去除牙石。
(2)藥物：牙周袋及根面藥物處理，刮除齦下牙石後，對內壁的病理性肉芽用探針蘸腐蝕性藥物(如碘酚)進入牙周袋達到治療效果。
(3)手術：手術清除牙周袋，牙周袋不深者可將牙周袋切除，深牙周袋可採用內壁刮除術、切除新附著術、翻辨術等。
(4)固定松牙，形成牙周夾板，注意控制菌魔，拔除不能保留的病牙。
2。全身治療：選用促使牙周組織修復及輔助改善炎症的藥物，如牙周寧、中藥固齒劑、維生素類藥、滅滴靈、螺旋黴索等。
