許多因素影響尿路結石的形成[1]。尿中形成結石晶體的鹽類呈超飽和狀態，尿中抑制晶體形成物質不足和核基質存在，是形成結石的主要因素。
流行病學因素
包括年齡、性別、職業、社會經濟地位、飲食成份和結構、水分攝入量、氣候、代謝和遺傳等因素。上尿路結石好發於20～50歲。男性多於女性。男性發病年齡高峰為35歲。女性有兩個高峰，30歲及55歲。在二次世界大戰時，上尿路結石發病率降低，而其間隙期間以及近四十年來發病率大大上升，提示與經濟收入和飲食結構變化有關。實驗證明，飲食中動物蛋白、精製糖增多，纖維素減少，促使上尿路結石形成。大量飲水使尿液稀釋，能減少尿中晶體形成。相等高溫環境及活動減少等亦為影響因素，但職業、氣候等不是單一決定因素。
尿液因素
1. 形成結石物質排出過多：尿液中鈣、草酸、尿酸排出量增加。長期臥床，甲狀旁腺機能亢進(再吸收性高尿鈣症)，特發性高尿鈣症(吸收性高尿鈣症一腸道吸收鈣增多或腎性高尿鈣症-腎小管再吸收鈣減少)，其它代謝異常及腎小管酸中毒等，均使尿鈣排出增加。痛風，尿持續酸性，慢性腹瀉及噻嗪類利尿劑均使尿酸排出增加。內源性合成草酸增加或腸道吸收草酸增加，可引起高草酸尿症。 2. 尿酸性減低，pH增高。
3. 尿量減少，使鹽類和有機物質的濃度增高。
4. 尿中抑制晶體形成物質含量減少，如枸櫞酸、焦磷酸鹽、鎂、酸性粘多糖、某些微量元素等。
解剖結構異常
如尿路梗阻，導致晶體或基質在引流較差部位沉積，尿液滯留繼發尿路感染，有利於結石形成。
尿路感染
大多數草酸鈣結石原因不明。磷酸鈣和磷酸鎂銨結石與感染和梗阻有關。尿酸結石與痛風等有關。胱氨酸結石是罕見的家族性遺傳性疾病，尿中排出大量胱氨酸所致。
