病因繼發性萎縮性鼻炎是由於慢性鼻-鼻竇炎，鼻腔特異性感染，如鼻結核、鼻麻風等和職業長期有害刺激氣體接觸，黏膜破壞較重，逐步萎縮所致，也可見於鼻腔多次手術或手術不當鼻腔組織切除過多的患者。
大多數原發性萎縮性鼻炎原因不明，有下列數種學說：
1.維生素缺乏學說
維生素A、B、B2治療本病，可收到良好效果，故有此說。近年來人民生活改善，國內萎縮性鼻炎發病率大為降低，僅在某些地區有較多本病患者。
因為本病常發生於女性青春期，並在月經期症狀加重，可能與性激素分泌紊亂有關。
3.細菌感染學說
本病患者鼻分泌物中可培養出類白喉桿菌、臭鼻桿菌、變形桿菌等，故有此學說。但多數學者發現用這些細菌接種試驗並不引起本病。
4.遺傳學說
有時發現一家人同患本病，可能與相同的生活條件和環境有關，是否純屬遺傳性疾病，尚缺乏證據。
5.免疫學說
近年來研究發現本病患者大多有免疫功能紊亂，故提出本病可能是一種自身免疫病。
