手術治療是肝癌首選的治療方法，通過完整的清除腫瘤組織，達到治癒的目的。現代肝臟外科手術技術日益進步，腫瘤大小並不是制約手術的關鍵因素。能否切除和切除的療效除了與腫瘤大小和數目有關，還與肝臟功能、肝硬化程度、腫瘤部位、腫瘤界限、有無完整包膜及靜脈癌栓等有非常密切的關係。行手術切除的患者一般要求其一般情況良好，即沒有心臟、肺臟、腎臟等重要臟器的器質性病變，肝功能正常或接近正常，具體需要客觀的肝功能儲備評估指標，如黃疸水平、白蛋白水平、吲哚氰綠滯留率等指標，同時沒有肝外腫瘤轉移灶，腫瘤部位侷限，而不是多發或瀰漫性分佈。早期肝癌手術切除後一年生存率達80%以上，五年生存率達50%以上。如在術後輔以綜合性治療，可以獲得更好的效果。
外科治療手段除了肝切除還可以選擇肝移植手術，尤其對於那些合併肝硬化，肝功能失代償的小肝癌患者，肝移植手術是最佳的選擇。目前，我國每年大約開展4000例肝移植手術，其中肝癌患者比例高達40%。關於肝癌肝移植的適應證有很多標準，主要關注腫瘤的大小、數目和有無血管侵潤及淋巴結轉移。綜合來說，這些標準對於無大血管侵犯、淋巴結轉移及肝外轉移的要求比較一致，但對腫瘤的大小和數目的要求不盡相同。我國標準與國際的肝癌肝移植標準相比擴大了肝癌肝移植的適應證範圍，超出標準的肝癌患者在接受肝移植治療後雖然最終可能會發生復發和轉移，但是其生活質量和生存時間要明顯優於其他治療方式，所以應根據供受體的需求比例做出綜合判斷來選擇適應證。
