泌尿生殖道感染支原體後，引起的疾病男性為非淋菌性尿道炎，女性主要為非淋菌泌尿生殖道炎。男性表現為尿道刺癢、燒灼感和排尿困難，少數有尿頻。尿道口輕度紅腫，分泌物稀薄，部分病人無症狀。女性表現為白帶增多，尿道灼熱或引起盆腔炎，輸卵管炎等而引起不孕，流產和宮外孕。
支原體、衣原體感染人體後，首先侵入柱狀上皮細胞並在細胞內生長繁殖，然後進入單核巨噬細胞系統的細胞內增殖。由於支原體、衣原體在細胞內繁殖，導致感染細胞死亡，同時尚能逃避宿主免疫防禦功能，得到間歇性保護。支原體、衣原體的致病機理是抑制被感染細胞代謝，溶解破壞細胞並導致溶解酶釋放，代謝產物的細胞毒作用，引起變態反應和自身免疫。
當人體感染支原體、衣原體後，產生特異性的免疫，但是這種免疫力較弱，持續時間短暫，因此，支原體、衣原體感染容易造成持續，反覆感染，以及隱性感染。細胞免疫方面，大部分活動性已治癒的衣原體患者，給予相應的抗原皮內注射時，常引起遲髮型變態反應。這種變態反應可用淋巴細胞進行被動轉移。此種免疫性很可能是t細胞所介導。體液免疫方面，在支原體、衣原體感染後，在血清和局部分泌物中出現中和抗體。中和抗體可以阻止衣原體對宿主細胞的吸附，也能通過調理作用增強吞噬細胞的攝入。
支原體、衣原體在女性生殖道最常見的侵犯部位是子宮頸，由此而上蔓延可引起子宮內膜炎、輸卵管炎、盆腔炎，也可引起急性尿道炎和前庭大腺炎。孕婦如有支原體、衣原體感染，分娩時胎兒經過產道可引起新生兒眼炎和肺炎。
婦女感染支原體、衣原體後，不一定會出現症狀，即使有症狀，也因感染部位的不同而有所不同，例如子宮頸感染後可出現宮頸糜爛、宮頸黏膜水腫、白帶增多(呈膿性)、接觸性出血等，輸卵管感染可引起下腹痛、腰痛和不育。一般來說，這些症狀均無特異性。
支原體、衣原體可通過性接觸，還可通過手、眼、毛巾、衣物、浴器、便具和游泳池等傳播。與多人發生性關係、男方有尿道炎、衛生習慣差等都容易感染。因此，預防感染的關鍵是潔身自愛，搞好個人衛生保健
