1.手術切除胰腺囊腺癌，包括腫瘤所在部位的部分正常胰腺，是治療本病唯一有效的方法。由於大部分胰腺囊腺癌的粘連較輕，即使有明顯粘連也容易分離，因此，除非癌腫已廣泛轉移、全身情況極差、重要臟器被累及等情況之外，原則上都應爭取行根治性切除。根據病變的部位和範圍、癌腫與鄰近臟器的關係、以及轉移和浸潤程度的不同，可分別選擇單純囊腫摘除術、胰體尾加脾臟切除術、胰十二指腸切除術或全胰切除術等不同術式。在手術過程中應儘可能使囊腫保持完整，一旦囊壁破潰，將導致腹腔內的種植性轉移。
2.在胰腺囊腺癌的治療過程中，較容易犯的錯誤有：①對手術切除腫瘤的難度估計過高，使一些經過努力可以行根治性切除的腫瘤，只作了姑息性和切除術或囊腫引流術。②僅根據術中少量囊腫組織的冰凍切片檢查，就輕易地診斷為胰腺假性囊腫、瀦留性囊腫和囊腺瘤，並因而施行囊腫內、外引流術。在國內、外的文獻資料中，都有胰腺假性囊腫或囊腺瘤經不完全切除或引流術後，發展為囊腺癌的病人。不能排除其中有的病人在最初手術時即為癌腫，但當時未能被發現的可能。因此，對病變性質一時難以確定的胰腺囊性腫塊，尤其是粘液性囊腫者，應按胰腺囊腺癌的治療原則處理，切除腫塊及其所在部位的部分胰腺組織。對於胰腺囊腺癌，切不可輕易行囊腫內引流或外引流術，不然不但達不到手術治療的目的，反而會增加囊腫感染的機會，貽誤根治性手術的時機。
3.胰腺囊腺癌對化療和放療均不敏感。
