對於嚴重的抽動障礙兒童，早期應用合理的藥物治療是非常必要的，也是綜合治療成功的基礎。目前常用的藥物主要有氟哌啶醇(haloperidol)、硫必利(tiapride, 又稱泰必利)、哌咪清(pimozide, 又稱匹莫齊特)、硝西泮(nitrazepam)等。氟哌啶醇是最常使用的藥物，約85%的患者可獲得較好的療效。硫必利是輕症患者比較喜歡選用的藥物，其特點是副作用比氟哌啶醇少。也有用五氟利多、氯米帕明、抗抑鬱劑、納曲酮等藥物治療抽動障礙或抽動障礙合併行為和情緒症狀的報道。特別是近幾年隨著精神藥理學研究的進展，應用新型非典型抗精神病藥物喹硫平、利培酮、奧氮平、阿立哌唑等藥物治療抽動障礙已經成為新的治療趨向，特別是對難治性的病例效果更佳。崔永華和鄭毅等(2005)對照研究了132例難治性Tourette 綜合徵，應用利培酮治療，有效地改善了難治性Tourette 綜合徵的運動、發聲抽動和綜合損傷效應，療效肯定，副反應相對較輕。
對於難治性的病例，近年來除抗精神病藥以外，作用於中樞a受體的藥物(可樂定，clonidine)，男性激素受體藥物(氟他胺，flutamide)，菸鹼及乙酰膽鹼受體藥物(美卡拉明，mecamylamine)均有使用的報道。探索新藥已成趨勢。鄭毅等(2001)採用丙戊酸鈉合併氟哌啶醇治療難治性 Tourette綜合徵，療效肯定，副反應相對較輕，為Tourette綜合徵的治療提供了一種新方法。
治療難治性的病例共患的強迫、多動、焦慮、抑鬱、自傷和衝動傷人症狀，近年來越來越引起大家的關注，成為抽動障礙治療的又一難題。一般多采用非典型抗精神病藥物合併抗抑鬱劑和/或抗焦慮藥物聯合治療。對採用多種藥物治療無效的難治性的病例，還可試用深部腦刺激(Deep brain stimulation, DBS)、或神經外科立體定向手術等非藥物治療。此種方法效果如何尚無充分的研究報道，有待深入探索。
心理治療
應加強支持性心理治療、認知治療、家庭治療，從而幫助患兒和家長正確認識該障礙，正確看待和處理所遇到的問題(如同學的恥笑等)，消除環境中對患兒症狀產生不利影響的各種因素，改善患兒情緒，增強患兒自信。習慣逆轉訓練、放鬆訓練等對治療該障礙也有一定幫助。
其他
應合理安排患兒生活，避免過度興奮、緊張、勞累、感冒發熱等，從而避免誘發或加重該障礙。
