嬰兒型應與下列疾病鑑別：
先天性重症肌無力。生後即為肌無力，其母有重症肌無力。一般於生後逐漸好轉，且應用膽鹼醮酶抑制劑有效。
先天性肌張力不全(Oppenheimt病)。主要為肌張力低下，肌肉無萎縮，肌電圖及肌肉活檢無異常所見。
糖原累積病Ⅱ型(Pompe病)。有血清麥芽糖酶缺乏，心臟明顯擴大.肌活檢肌纖維中有大量糖原代替原來的肌纖維。
進行性肌營養不良。出生一般情況好，一般發病在3歲以後，開始學走路時。多有肌肉假肥大，肌電圖為肌源性改變，血清酶均明顯增高。
少年型需與進行性肌營養不良鑑別。本型一般雖有血清肌酶潛的增高，但肌電圖為神經源性改變，肌肉活檢亦為神經源性損害的特徵。以上特點均可與進行性肌營養不良區分。
成年型由於為慢性進行性近端上下勝無力和萎縮.因而需和進行性肌營養不良肢帶型鑑別。在成年型脊肌菱縮症中多有明顯的肌肉束顫，肌電圖為廣泛的神經源性損害，肌肉活檢為神經源性及肌酶譜的正常，可助鑑別。與頸椎病(脊髓型)可根據胸鎖乳突肌肌電圖及上肚皮節體感誘發電位，及無感覺障礙，無錐體束及括約肌障礙進行鑑別。與根型頸椎病的鑑別可參照肌萎縮側索硬化症中所述。
少見的單肢型需與多灶性脫鞘性神經病相區別。後者雖可限於一側上肢起病，多在遠端，但電生理和病理顯示為一組多灶性脫鞘的表現，即電生理有運動神經傳導速度的減慢，遠段潛伏期的延長，F波的潛伏期延長，出現率減低。更重要的是有神經傳導阻滯，而與脊髓性肌萎縮的肌電圖所示為明顯的神經元損害，但運動神經傳導速度正常回然不同。
原發性側索硬化
本病運動神經元變性位限於上運動神經元，而下運動神經元不受累。為少見類型.散發，國內尚未見有家族的報道。起病可在青年期逐漸進展.多從下肢起病。病人常訴肌肉僵硬，運動笨拙。檢查時雙下肢肌張力增高，反射亢進，雙下肢出現巴賓斯基徵及查多克徵。此型進展緩慢.最後可延至上肢。但多不如下肢嚴重。無肌肉萎縮及無力，腦神經亦不受累，無括約肌障礙，無感覺障礙。如皮質延髓束受累時可出現嗆咳、吞嚥障礙及強哭強笑。頸段及胸段脊髓影像學無異常，腦脊液正常。EMG或神經傳導速度無異常。磁刺激運動誘發電位可有中樞傳導時間延長。本病病因不明，作者於中國西北地區、甘肅省部分地區觀察到有地醫分佈的搓似率型的病人。發病可從兒童至成年，家庭多個成員發病。
起病從下肢開始，表現錐體束徵，部分可累及上腔，無其他神經受損徵。經調查該地區性的分佈與當地以山黧豆為主食，且食物加工過程中問題有關。經改基山黧豆製作過程或不食用後，發病連漸消失。固而推測與山黧豆毒素(BOAA)有關，已證實此種丙氨酸的衍生物是興奮性氨基酸受體激動劑。本病有時需與多發性硬化進行鑑別。但根據發病緩慢，進行性的錐體束受累，無括約肌障礙等可資鑑別。無特效治療。Baclfon等藥可暫時緩解肌張力及肢體僵硬。
