男性，多生於龜頭、冠狀溝、、陰莖體、尿道口和陰囊。男性同性戀者由於肛交，皰疹可發生於肛門及肛周，嚴重者可感染直腸。女性好發於大小陰唇、陰阜、陰蒂、陰道等處。男性同時可併發、膀胱炎和女性可併發和子宮炎。大多數患者還可併發雙側腹股溝淋巴結腫大。
大約有60%的原發患者，會在一年內再次復發，第1年至少復發數次，第2年則逐漸減少。復發後一般症狀比較輕，也沒有淋巴結腫大，病程也短。引起復發的誘因，多為感冒發燒、上火、月經來潮、夫妻生活過頻、疲勞過度、消化不良和氣候乾燥等。復發時，患處可感到有熱刺和癢感。
同性戀者可發生於肛門、直腸。原發性感染的症狀往往比較嚴重，水皰出現前接種部位常先有灼熱、瘙癢或感覺異常，隨之局部出現淡紅色斑或丘疹，在此基礎上迅速出現，芝麻至綠豆大群集性緊張水皰，皰液開始較清，逐漸可變成混濁甚至程膿性。
