63%的HSV2和37%的HSV1初次感染者不出現生殖器皰疹的臨床症狀。典型的症狀是疼痛、排尿困難、尿道或陰道分泌物增多、腹股溝淋巴結腫大疼痛，而直腸受累可能表現為直腸疼痛、分泌物增多和尿急。
一般來說，生殖器皰疹被分為原發性、複發性、亞臨床性、非典型性和無症狀性。
1.原發性生殖器皰疹
是第一次感染HSV，出現臨床症狀和體徵。潛伏期為2-14天（平均3-5天）；典型表現為外生殖器部位出現廣泛對稱分佈的多發性紅斑、丘疹和水皰，2-4天后破裂形成水泡或潰瘍。早期症狀可能包括生殖器或肛門部位的瘙癢或燒灼感、頭痛、發熱和淋巴結腫大，病程大多為2-3周。
2.複發性生殖器皰疹
最常見於生殖器HSV-2感染者；通常第一次復發發生在原發感染後1-4個月。復發的頻率平均為每年3-4次。大多數病人在皮疹發生前數小時至5天出現前驅表現，表現為輕度麻木、刺痛、燒灼感、刺痛、隱痛、會陰部痙攣到臀部、大腿和臀部的放射痛。皮損數量少，簇擁著小水皰，很快形成水泡或淺潰瘍，不對稱分佈，局部有輕度疼痛、瘙癢和燒灼感，病程通常為6至10天，皮損多在4至5天內癒合。
3.亞臨床感染
是沒有臨床症狀的HSV感染。然而，無症狀的排毒存在，並可能具有感染性。
4.非典型或未被識別的生殖器皰疹
非典型病變可能表現為生殖器部位的微小裂口、潰瘍和紅斑，容易被忽視。
5.特殊類型的生殖器
表現為皰疹性直腸炎、皰疹性宮頸炎、新生兒皰疹播散性HSV感染（表現為皰疹性腦膜炎、肝炎、肺炎和皮膚感染），以及妊娠期生殖器皰疹（可引起宮內發育遲緩、流產、早產，甚至死胎）。
6.艾滋病和HSV感染
可表現為廣泛、多發性、慢性持續性潰瘍，伴有劇烈疼痛，易患皰疹性腦膜炎和播散性HSV感染。
