1.根據造血幹細胞的來源分為骨髓、外周血、臍帶血等。
2.根據供受者關係分類
(1)自體造血幹細胞移植 將自體正常或疾病緩解期的造血幹細胞保存起來，在患者接受大劑量化療後回輸造血幹細胞。
(2)同基因造血幹細胞移植 指同卵孿生之間的移植。
(3)異基因造血幹細胞移植 同胞人類白細胞抗原(HLA)相合、親緣HLA不全相合或半相合、非親緣HLA相合、非親緣HLA不全相合等。
3.根據供受體之間HLA配型分為HLA相合同胞移植、HLA相合非親緣移植、親緣HLA不全相合/半相合移植。
4.根據有無細胞體外處理，分為未經體外處理、CD34+細胞富集、T細胞去除、單克隆抗體處理後、化療藥物體外處理淨化、體外擴增後細胞及基因修飾細胞等。
5.根據移植前預處理方案分類(1)清髓性移植 如果沒有外源性造血幹細胞支持，清髓強度使造血系統3個月內無法自行恢復。
(2)非清髓性移植 預處理強度有所降低。如果沒有外源性造血幹細胞支持，造血系統在3個月內自行恢復。
