(一)胸骨後燒灼感或疼痛為本病的主要症狀。根據迷走神經的分佈，有時可放射至頸部、顎或耳部。常見的是放射到背部兩側肩胛間。燒灼感可經飲水或服制酸劑或含糖塊刺激唾液分泌及食管原發蠕動而得到緩解。尤其在進食某些辛辣食物後最易發生，彎腰、用力或平臥時均可引起，直立位減輕，這是因採取直立姿勢走動促進了食管清除的作用。體位性燒灼痛加重，高度提示為反流所致。胃酸缺乏者，燒灼感主要由膽汁反流所致，則服制酸劑的效果不著。燒灼感的嚴重程度不一定與病變的輕重一致。嚴重食管炎尤其在瘢痕形成者，可無或僅有輕微燒灼感。
(二)胃、食管反流 每於餐後、躺體前屈或夜間臥床睡覺時，有酸性液體或食物從胃、食管反流至咽部或口腔。此症狀多在胸骨後燒灼感或燒灼痛發生前出現。
(三)吞嚥疼痛，因食物團刺激發炎的食管或食管痙攣引起。痙攣性疼痛與燒心的分佈和放射部位相同。食團在食管炎區及部分狹窄或運動功能不協調區使食管急性擴張，發生第三收縮或痙攣。病人可感到食物或液體在食管上方停頓，要等待食團向下行或飲水衝下，食團停頓上方的擴張食管可產生十分嚴重的疼痛。痙攣性疼痛亦可由反流引起。
(四)嚥下困難，初期常可因食管炎引起繼發性食管痙攣而出現間歇性嚥下困難。後期則可由於食管瘢痕形成狹窄，燒灼感和燒灼痛逐漸減輕而為永久性嚥下困難所替代，進食固體食物時可在劍突處引起堵塞感或疼痛。
(五)反胃，胃酸或膽汁反流進入口腔後壁說明胃食管有反流。胃內容物可被吐出或嚥下，在咽及口腔內留著一種酸味或苦味，造成口臭或味覺損害，受慢性刺激的口唇可能有燒灼感。進食、用力或體位改變後均可發生反胃。常伴有胃腸脹氣、呃逆。夜間反流還可引起咳嗽、吸入性肺炎或發生窒息。
(六)出血及貧血，嚴重食管炎者可出現食管粘膜糜爛而致出血，多為慢性少量出血。長期或大量出血均可導致缺鐵性貧血。
(七)其他症狀，反流物通過環咽括約肌進入咽喉，可造成喉、氣管誤吸，發生炎性聲帶息肉，易感病人易激發哮喘。瀰漫性食管炎或侵入性潰瘍可發生吐血，慢性失血。少數穿透性潰瘍可發生食管穿孔。
