1、食管胃連接處解剖和生理抗反流屏障的破壞：
食管胃連接處抗反流屏障亦稱第一抗反流屏幕，其中最重要的結構是食管下端括約肌(lower esophageal sphincter,LES)。LES是在食管與胃交界線之上3～5cm範圍內的高壓區。該處靜息壓約為2.0～4.0kPa(15～30mmHg)，構成一個壓力屏障，起著防止胃內容物反流入食管的生理作用。正常人腹內壓增加能通過迷走神經而引起LES收縮反射，使LES壓成倍增加以防GER。LES壓過低和腹內壓增加時不能引起有力的LES收縮反應者，則可導致GER。研究表明，LESD <0.8kPa時，很容易發生反流，約有17%～39%的反流性食管炎者的GER與此有關。膽鹼能和β-腎上腺素能擬似藥、α-腎上腺素能拮抗藥、多巴安、安定、鈣受體拮抗劑、嗎啡及脂肪、酒精、咖啡因和吸菸等藥物與食物因素均可影響LES功能，誘發GER。
2、食管酸廓清功能的障礙：
正常食管酸廓清功能包括食管排空和唾液中和兩部分。當酸性胃內容物反流時，只需1～2次(約10～15秒)食管繼發性裡裡蠕動即可排空幾乎所有的反流物。殘留於食管粘膜陷窩內的少量酸液則可被唾液(正常人每小時約有1000～1500ml，pH為6～8的唾液經食管入胃)中和。食管酸廓清的功能在於減少食管粘膜浸泡於胃酸中的時限，故有防止反流食管炎的作用。
3、食管粘膜抗反流屏障功能的損害：
食管粘膜抗反流的屏障功能由下列因素組成：
①上皮前因素包括粘液層，粘膜表面的HCO-3濃度;
②上皮因素包括上皮細胞膜和細胞間的連接結構，以及上皮運輸、細胞內緩衝液、細胞代謝等功能;
③上皮後因素係指組織的內基礎酸狀態和血供情況。當上述防禦屏障受損傷時，即使在正常反流情況下，亦可致食管炎。研究發現，食管上皮細胞增生和修復能力的消弱是反流性食管炎產生的重要原因之一。
