⒈染色體變異
受精並非精子和卵子的簡單結合。23對染色體必須成功結合才能構成一個胚胎。在這複雜的結合過程中，一個小小的錯誤就會導致基因的嚴重變異。而基因變異導致的直接結果就是胚胎無法存活。如果結合過程中的錯誤發生得較早，你可能根本察覺不到自己懷孕，受精卵就被排出體外了，而形式就像來了一次月經;如果發生得較晚，其結果將是萎亡孕卵，甚至是一個沒有心跳的胎兒。
⒉激素分泌失調
正常排卵依賴於各種激素的正常分泌，每種激素都在其中發揮著重要作用。15%的習慣性流產患者存在月經期激素分泌失調的症狀，即某一種或幾種激素分泌過多或過少，最常見的情況是黃體酮和雄性激素出現問題。以黃體酮為例，如果這種激素分泌量不足將導致受精的卵子無法正確地在子宮內著床。美國休斯頓市貝勒醫學院婦產科教授sandra carson指出：“卵子發育異常有可能導致黃體酮分泌不足。”
⒊子宮病症
子宮內部組織的問題也可能導致流產，而女性通常到了懷孕的時候才會發現這些問題。子宮肌瘤就是元兇之一。大多數子宮肌瘤長在子宮外壁上，因而不會對懷孕造成甚麼威脅。但是那些長在子宮內的肌瘤則會搶佔胚胎髮育所需的空間，並且影響到胚胎的血液供應。另一種可能影響懷孕的子宮疾病出在隔膜上，它將阻止卵子正確著床，並且阻斷流向胎盤的血液。宮頸無力也是導致流產的原因之一，由於宮頸缺乏力度有可能無法承受發育中的胎兒的重量。許多宮頸無力的孕婦在懷孕後的頭3個月裡不會出現甚麼症狀，但是4至6個月期間就有可能流產。
⒋慢性病
在懷孕期間保持良好的健康狀況是至關重要的，但是對於患有慢性病的女性來說做到這一點很困難。習慣性流產中有6%是由嚴重的糖尿病、甲狀腺分泌失調或是心臟、腎臟、肝臟疾病等引起的。但是母體健康狀況不佳並不意味著無法養育健康的寶寶。患有慢性病的孕婦可以在有經驗的產科醫生的指導和監控下正常分娩。
⒌免疫系統機能不良
孕婦的身體應該是一個理想的孵化器——一個溫暖的充滿營養的地方，而在這裡最為關鍵的還是安全。但是，如果母體出現免疫系統失調情況就不同了，那些幫助母體抵抗病毒的抗生素將傳導給胎兒並且毀滅這個正在成長的小生靈。專家對於免疫系統機能不良導致流產的可能性存在不同看法。許多醫生認為，不到5%的習慣性流產是由於免疫系統問題導致的。另有一些專家則認為，50%不明原因的流產是由免疫系統失調引起的。但是，專家一致認為一種名為apls的免疫系統綜合徵有可能阻礙懷孕。患有apls綜合徵的女性體內能夠產生在必要的時候引起血液凝結的抗體，這對於正在發育中的胚胎是致命的打擊。apls綜合徵可以通過服用兒童劑量的阿司匹林或是注射血液稀釋劑加以治療。
