支原體對胎兒是會有一定的影響的，支原體會通過胎盤屏障對胎兒造成致畸的不良影響後果，特別是在懷孕初期，影響也會非常大。支原體的感染會影響受精，因為支原體有吞噬精子的功能，即使是懷孕受精成功了，在孕期過程中，也會有出現如下的現象：自然流產、胚胎期夭折、胎死腹中的不良後果。所以一般會建議支原體感染的孕婦終止妊娠，以免生出畸形的孩子，給家人和社會帶來巨大的精神經濟和壓力的負擔，終止妊娠後就需要開始治療支原體感染，待到至於效果樂觀時，經過一番身體的調養，再進行懷孕生小孩的準備。【藥物治療】一般會選擇使用大環酯類的藥物，常用的代表藥物就是阿奇黴素，穿透力比較長，支原體的週期比較長，在22~24天左右，阿奇黴素的週期在2周左右，所以使用阿奇黴素時間會長一些。由於阿奇黴素對肝臟的有一定的損害，期間一定要定期檢查肝功能。
中藥治療】中藥的治療在支原體感染中只是起到了輔助的作用，有清理的療效，但是不能單獨地使用中藥，不然會讓治療的效果大大降低的，同時在治療後還需要做一些相應的檢查，最常做的檢查是細胞學塗片，臨床一週為陰性就可斷定為痊癒，但是最保險的還是做三次檢查。
【一般治療】支原體的感染最好就是夫妻或者性夥伴一起進行治療，共同治療比較有利，不然以後還是會交叉感染的。男性本身精子數量和質量都是可以保證的，但是還是會被女性隱藏的分泌物吞噬掉精子的體部，造成不孕不育，所以需要共同治療。
