1、全身性感染疾病。有些尿路感染的局部症狀不明顯而全身急性感染症狀叫突出，易誤診為流行性感冒、瘧疾、敗血症、傷寒等發熱性疾病。如能詳細詢問病史，注意尿路感染的下尿路症狀及腎區叩痛，並作尿沉渣和細菌學檢查，不難鑑別。
2、慢性腎盂腎炎。需與反覆發作尿路感染作鑑別診斷，目前認為影像學檢查發現有局灶性粗糙的腎皮質瘢痕，伴有相應的腎盞變形者，才能診斷為慢性腎盂腎炎，否則尿路感染病史雖長，亦不能診斷為本病。本病常有一般慢性間質性腎炎表現，並有間歇的尿路感染髮作病史，在尿路無複雜情況時極少發生慢性腎盂腎炎，尿路有功能性或器質性梗阻時才會發生。尿路功能性梗阻常見於膀胱-輸尿管反流，而器質性者多見於腎結石等。
3、腎結核。本病尿頻、尿急、尿痛更突出，一般抗菌藥物治療無效，晨尿培養結核桿菌陽性，尿沉渣可找到抗酸桿菌，而普通細菌培養為陰性。結核菌素試驗陽性，血清結核菌抗體測定陽性。靜脈腎盂造影可發現腎結核病灶X線徵，部分患者可有肺、附睪等腎外結核，可資鑑別。但要注意腎結核常可與尿路感染並存。尿路感染經抗菌藥物治療後，仍殘留有尿路感染症狀或尿沉渣異常者，應高度注意腎結核的可能性。
4、尿道綜合徵。患者雖有尿頻、尿急、尿痛，但多次檢查均無真性細菌尿，可資鑑別。尿道綜合徵分為：①感染性尿道綜合徵：佔約75%，患者有白細胞尿，是由致病的微生物引起，如衣原體、支原體感染等。②非感染性尿道綜合徵：約佔25%，無白細胞尿，病原體檢查亦陰性，其病因未明，有人認為可能是焦慮性精神狀態所致。
