1、全身性感染性疾病。有些尿路感染的局部症狀不明顯而全身急性感染症狀稱突出，容易誤診為流感、瘧疾、敗血症、傷寒等發熱性疾病。如能詳細瞭解病史，注意下尿路感染的症狀和腎區叩診，並作尿沉渣和細菌學檢查，不難鑑別。
2.慢性腎盂腎炎。應與複發性尿路感染相鑑別，目前認為局灶性粗糙的腎皮質瘢痕，影像學上有相應的腎萼變形，可診斷為慢性腎盂腎炎，否則有長期尿路感染史不能診斷為本病。慢性腎盂腎炎很少在沒有尿路併發症的情況下發生，只在有尿路功能性或器質性梗阻的情況下發生。尿路功能性梗阻常見於膀胱-輸尿管反流，而器質性梗阻則多見於腎結石等。
3、腎結核。本病以尿頻、尿急、尿痛較為突出，一般抗菌藥物治療無效，晨尿培養結核分枝桿菌陽性，尿沉渣中可發現抗酸桿菌，而普通細菌培養為陰性。結核菌素試驗陽性，血清中結核分枝桿菌抗體陽性。靜脈腎盂造影可發現腎結核病變的X線徵象，有些病人可能有腎外結核，如肺部和附睪，可加以區別。然而，需要注意的是，腎結核常常可以與尿路感染並存。對於用抗菌藥物治療尿路感染後有殘餘尿路感染症狀或尿沉渣異常的患者，應高度注意腎結核的可能性。
4.尿道綜合徵。患者有尿頻、尿急、尿痛等症狀，但經多次檢查無真正的細菌尿，可予以鑑別。UTI綜合徵可分為。① 感染性UTI綜合徵：約75%的病人有白細胞尿，由病原微生物引起，如衣原體和支原體感染。該綜合徵的病因尚不清楚，有人認為可能是由於焦慮的精神狀態所致。
