1.一般治療
急性活動期，應臥床休息。發作間歇期應注意預防復發。如控制口、咽部感染、避免進刺激性食物。併發感染者給予抗生素治療。
2.局部治療
口腔潰瘍可局部用糖皮質激素膏、冰硼散、錫類散等，生殖器潰瘍用1：5000高錳酸鉀清洗後加用抗生素軟膏;眼結、角膜炎可應用皮質激素眼膏或滴眼液，眼色素膜炎須應用散瞳劑以防止炎症後粘連，重症眼炎者可在球結膜下注射腎上腺皮質激素。
3.全身治療
(1)非甾類抗炎藥：具消炎鎮痛作用。對緩解發熱、皮膚結節紅斑、生殖器潰瘍疼痛及關節炎症狀有一定療效，常用藥物有布洛芬0.4~0.63/d;萘普生，0.2~0.42/d;雙氯芬酸鈉，25mg3/d等，或其他非甾體藥和COX-2選擇性抑制劑(見類風溼關節炎治療)。
(2)秋水仙鹼：可抑制中性粒細胞趨化，對關節病變、結節紅斑、口腔和生殖器潰瘍、眼色素膜炎均有一定的治療作用，常用劑量為0.5mg，2~3/d。應注意肝腎損害、粒細胞減少等不良反應。
(3)沙利度胺：用於治療嚴重的口腔、生殖器潰瘍。宜從小劑量開始(50mg/d)，逐漸增加至200mg/d，分次口服。不良反應有嗜睡、口渴、血細胞下降、肝酶增高、鏡下血尿和指端麻木等。服藥期間禁妊娠，以免引起胎兒畸形，另外有引起神經軸索變性的副作用。好轉後逐漸減量。
(4)糖皮質激素：可有效地控制急性炎症，常用量為潑尼松40~60mg/d。重症患者如嚴重眼炎、中樞神經系統病變、嚴重血管炎患者可考慮採用靜脈應用大劑量甲基潑尼松龍衝擊，1,000mg/d，3~5天為一療程，與免疫抑制劑聯合效果更好，單純應用糖皮質激素不能防止復發。長期應用糖皮質激素有不良反應(見系統性紅斑狼瘡用藥)。
(5)免疫抑制劑：重要臟器損害時應選用此類藥。常與腎上腺皮質激素聯用。在疾病活動期控制後，小劑量糖皮質激素(10~15mg)隔日口服，並聯合免疫抑制劑是預防復發的有效措施。此類藥物副作用較大，用藥時間應注意嚴密監測。
4.手術治療
重症腸白塞病併發腸穿孔時可行手術治療，但腸白塞病術後複發率可高達50%。復發與手術方式及原發部位無關，故選擇手術時應慎重。血管病變手術後也可於術後吻合處再次形成動脈瘤，故一般不主張手術治療，採用介入治療可減少手術併發症。眼失明伴持續疼痛者可手術摘除。手術後應繼續應用免疫抑制劑治療可減少復發。
