本病的主要病因病機是溫熱毒邪蘊滯，而溫熱的形成有內因和外因兩個方面，外因是感受溼熱毒邪，內因主要是臟腑功能失調，溫熱毒邪蘊於肝脾腎循環上攻於口、眼下注於外陰，引發本病。
感受溼熱毒邪火熱並或瘀毒未進與溼灼相合或久居潮溼之地，溼毒侵犯肌膚蘊久化熱，毒熱內蘊，結於臟腑溼熱毒邪循經上攻於口、眼、下注於外陰，損傷局部皮膚粘膜發為潰瘍，若溼熱困脾失健運，則見腹脹、納差或胃腸道潰瘍，溼熱傷及血脈則肢體皮膚出現紅色結節，壓痛明顯，溼熱流於關節則見膝、踝、腕、關節腫痛。 因情緒波動憂、思、鬱、怒致肝氣鬱結、氣瘀化火或過時肥甘厚味，釀成脾胃溼熱，溼熱影響心脾肝腎，而心氣攻於舌，脾氣攻於口，心脾溼熱，循進上與口舌，則口舌生瘡，肝脈赤目循繞陰氣，腎開竅於二陰，肝腎溼熱上燻形成眼疾，下注二陰之外陰部潰瘍。
西醫認為與以下幾種因素有關：
感染
有報道說，本病與急、慢性病毒感染、細菌感染如鏈球菌、結核桿菌感染，引起的自體免疫異常有關。比如：據國內有關報道，本病患者中，有三分之一過去患過結核病或者正在患結核病，部分病人經過治療結核後，不僅結核治癒，而且白塞病症狀也有好轉。也有人發現單純皰疹病毒和溶血鏈球菌與本病有關。說明細菌病毒感染與本病有關。
遺傳因素
本病有地區性發病傾向，如多見於地中海沿岸國家。對錶明人類遺傳特徵的物質HLA的研究發現，白塞病患者中HLA-B5陽性檢出率可達60%以上，HLA-B51的陽性檢出率也很高。因此，有人提出，這兩種HLA類型所代表的遺傳特徵可能是部分白塞病發病的內因或內環境。因為並非所有白塞病患者均有HLA-B5或HLA-B51陽性，Behcet可能與常染色體隱性遺傳有關。
微量元素
患者病變組織多種微量元素含量增高，如有機氯、有機磷和銅離子。也有人發現某些微量元素鋅、硒缺乏，可能與本病有關。
免疫異常
患者血清中存在抗口腔粘膜抗體、抗動脈壁抗體等自身抗體，血清中免疫複合物陽性率達60%，並與病情活動有關，患者免疫球蛋白增高，淋巴細胞比例失調，血管周圍、腦脊液、血管壁等病損處可見到淋巴細胞、免疫球蛋白、補體等與免疫反應有關的物質，說明本病與免疫失調有密切關係。
