選用要對症
腹瀉大致可分為感染性和非感染性腹瀉兩類，而感染性腹瀉又有細菌感染和病毒感染之分，黃連素只適用於細菌感染的腹瀉。而對腸易激綜合徵、潰瘍性結腸炎等原因導致的腹瀉，黃連素更是沒有作用。例如，秋天由於天氣轉涼引起的腹瀉，如果症狀較輕，在不影響生活、工作的情況下，是不需要服用黃連素的。
劑量要充足
服用黃連素要足量，成人每日600～1000毫克，分3～4次服用即可，不要先服一片，看看沒有效果，再加一片，這樣反而不易及時產生療效。另外，在外出時，有人會習慣性地吃幾粒黃連素預防腹瀉，這會使機體產生耐藥性，還會抑制腸道正常菌群的活性。
不可和茶水同服
茶水中含有多種成分，如茶多酚、嘌呤生物鹼、多種維生素、鞣質等，其中鞣質會在人體內分解成鞣酸。黃連素口服後，幾乎不被胃腸道吸收，而是停留在腸道內，以持續對抗致病的細菌。但是，茶水中的鞣酸會沉澱黃連素中的生物鹼，使其藥效大大降低。因此，不僅不能用茶水送服黃連素，而且在吃藥前後兩小時內也不能喝茶。
不可長期服
雖然黃連素的不良反應較少，但也偶有噁心、嘔吐、皮疹和藥熱等表現。長期大劑量服用黃連素會導致B族維生素吸收障礙，從而引發周圍神經炎。所以，如果要長期服用黃連素，一定要謹遵醫囑。
