黃連素的通用名叫鹽酸小檗鹼，是從黃連、黃柏等小檗科植物中提煉出來的一種抗菌性生物鹼，黃連素能對抗病原微生物，對多種細菌如痢疾桿菌、結核桿菌、肺炎球菌、傷寒桿菌及白喉桿菌等都有抑制作用，其中對痢疾桿菌作用最強，常用來治療細菌性胃腸炎、痢疾等消化道疾病，系治療腹瀉的有效藥物，常作為居家旅行的常備藥物，但人們卻沒有認識到黃連素是一種抗菌素，對腹瀉不加區分的胡亂服用，有害於健康，在抗菌素濫用的今天，重新認識黃連素、準確應用並嚴格管理使用是十分有必要的。
現代醫學研究發現：在人的腸道內就共生著600餘種，100萬億的龐大菌群系統，這些共生的細菌左右著我們的健康和生命。離開它們，人類就不能健康地生存，因為它們能合成供給我們人體自己所不能合成的各種必需維生素，能合成供給我們人體腸黏膜再生和修復所必需的短鏈脂肪酸如丁酸，特別重要的是這些腸道微生物還是構成我們腸淋巴免疫系統的重要成員，而腸淋巴免疫佔我們人體免疫功能系統的70％，長期濫用黃連素將對上述系統造成不可估計的損失。
而腹瀉的原因眾多，總體可分感染性和非感染性腹瀉，感染性腹瀉多呈急性腹瀉；非感染性腹瀉，多呈慢性腹瀉。黃連素只適用於感染性腹瀉。胃腸感染表現可輕可重，輕者僅腹痛、腹瀉，重者會有噁心、嘔吐、發熱寒戰、食慾不振，嚴重時導致脫水、酸中毒、休克。一般而言，對輕型炎症可以選用黃連素，但也根據炎症的控制情況，適量適時的運用，對於重型則必須合用抗感染作用強的抗菌素。
目前所認識的疾病如腸易激綜合徵、潰瘍性結腸炎、營養不良、內分泌疾病、過敏性疾病等，都可以導致慢性腹瀉，對這種非感染性的腹瀉，黃連素是毫無作用的，不僅無用而且有害，我們腸道健康的保衛者――腸道菌群將遭到破壞，日久可導致腸道菌群失調，特別是腸道產丁酸菌匱乏後，將造成腸黏膜再生修復障礙、黏膜滲透性增加，腸道的選擇性吸收功能將會降低或喪失，從而使大量的病原菌或有害物質得以乘機進入，進一步引發炎症和免疫功能紊亂，輕者引發腹瀉、腸易激綜合徵，長期久治不愈將引發腸癌及腸病併發症等。
黃連素是化學合成藥物，不是中成藥，對於中醫辨證為脾胃虛寒型的腹瀉，黃連苦寒，反而易傷脾胃，損害胃腸功能，更易出現胃痛、噁心等消化系統症狀，加重病情。
因此，對於不明原因的腹瀉不能隨意服用黃連素，最好能根據醫院糞便、血液檢查情況選用，一般性腹瀉1-2次無其他伴隨症狀如飲食不節、水土不服等因素引起，其實不必服用黃連素，保持清淡飲食，人體即可自行恢復，但反覆發作就要查明原因了。
