天氣漸冷的時候，腸胃最容易受細菌侵襲，進而突發急性痢疾。黃連素對痢疾桿菌的作用最強，常用於治療細菌性腸胃炎、痢疾等消化系統疾病，因此成為家庭常備藥。但實際上，黃連素治腹瀉只救急不救緩，即只適用於急性腹瀉。
腹瀉的原因很多，總體上分為感染性腹瀉(急性腹瀉)和非感染性腹瀉(慢性腹瀉)兩種。而非感染性腹瀉一般包括腸易激綜合徵、潰瘍性結腸炎、內分泌疾病等，它們都可以導致慢性腹瀉。對於非感染性腹瀉、腹痛，服用黃連素毫無作用。
舉個例子，腸易激綜合徵患者吃2～3 片黃連素後，雖然腹痛、腹瀉會消失，但並非黃連素的作用，原因是腸易激綜合徵可自行緩解，只是病情會反覆發作，其腹痛症狀緩解與吃黃連素無關。
日常生活中，有的人為了避免腹瀉，外出吃飯、旅行時，常常提前吃幾片黃連素預防，這種做法是錯誤的。更嚴重的是，提前吃黃連素可以說是對細菌的一種“挑逗”行為，會讓細菌產生耐藥性。而且預防性用藥的劑量通常不大，與藥物的抵抗會使細菌的抵抗性由弱變強，可謂有害無益。
另外，對於救急型的止瀉藥，常用會有耐藥性，還會加劇腹瀉、腹痛等不適，甚至還可能導致便秘，因此一定要適可而止。
