1、對正常肝細胞仍有損傷，少數病人甚至出現肝機能不全。
2、操作有一定難度，導管應超選擇進入供血動脈療效才佳，但有時進入肝動脈都很困難。而有的肝癌可多血管供血。
3、肝癌主要供血依賴肝動脈，但癌塊周圍有門靜脈血供，癌細胞可以“苟安偷生”。
4、有的病人一次治療後血管即堵塞，以致再操作困難。
5、即使操作超選擇順利進行，由於高壓注射等原因，可造成誤栓，分流及可能有不可避免的微轉移產生。
6、對癌塊太大者療效欠滿意。
7、已有門靜脈癌栓者須酌情考慮或去除癌栓。
對於心血管疾病也可採用介入療法治療。如採用球囊擴張技術，改善二尖瓣狹窄，採用支架植入技術，解除胸主動脈狹窄等，這種療法有旋切、封堵、溶栓、支架等措施，已被公認是治療心血管疾病的一種新的可靠的療法。
腫瘤的血管介入療法按器械導入的部位，分為血管內介入和血管外介入兩種。氬氦刀冷凍療法和血管阻斷(栓塞)方法，臨床上應用最多最成功的是肝動脈化學栓塞療法治療肝癌。
