1.幫助營養物質的消化吸收
許多益生菌株在胃腸道內可產生消化酶，這些酶可幫助人體更好地消化所攝入的食品及吸收食品中的營養成分。益生菌還可競爭性抑制有害微生物吸收營養物質及進入血液循環系統。嗜酸乳桿菌是這方面的代表菌株，可分泌消化乳糖的乳糖酶，從而緩解乳糖不耐症。
2.產生重要的營養物質
益生菌能產生維生素，包括泛酸、尼克酸、B1,B2,B6及維生素K等，同時能產生短鏈脂肪酸、抗氧化劑、氨基酸等等，對骨骼成長和心臟健康有重要作用。
3.抵抗細菌病毒的感染，提升免疫通過三大步驟，益生菌可清除有害菌對身體的傷害：
1.)抑制有害菌的生長。益生菌通過產生殺滅有害菌的化學物質，及與有害菌競爭空間和資源而遏制它們的生長。
2.)抑制有害菌產生毒素。
3.)清除有害菌產生的毒素。
4.預防和治療某些疾病，如腸道綜合症、呼吸道感染、生殖系統感染、過敏、口臭、胃潰瘍等。
人體許多健康問題都是由體內菌群失衡引起，決定因素是微生態的平衡，可通過使體內菌群重新達到生態平衡來實現緩解與治療的目的。比如腹瀉、便秘、陰道感染等綜合症狀，國內外已經經過多年的研究和實踐，證明使用特定的經臨床證實的益生菌可有效地進行治療。
益生菌有許多令人驚奇的功效，但這些不同的功效高度依賴於“菌株的特定性”。也就是說，通過大量和長期的臨床研究證實了某個特定的益生菌株具有某種明確的功能，但並不意味著其他同種益生菌的不同菌株也必定有同樣或相似的功能。比如，丹尼斯克HOWARUä;瑞卡福抑菌噴劑等優質益生菌系列，經過多年科學研究和臨床證實，證明其中某些特種菌株的特定配合，對於緩解某些健康問題，如腸道綜合症、過敏、呼吸道感染等有著預防和緩解的功效，尤其是瑞卡福抑菌噴劑更能幫助修復因致病菌感染造成的生殖系統疾病。但並不能說明任何其他的同類菌株產品也有同樣的功效。
