1、 先天的發育不良
由先天發育不良可產生多種疾病，對於囊腫性腎病而言，主要可造成髓質海綿腎、發育不良性多囊腎病等，先天發育異常的基因一般沒有異常，因此它與基因遺傳或基因突變是有區別的。
2、 基因突變(非遺傳)
對於多囊腎病來說，大多是通過父母基因遺傳的，分為常染色體顯性遺傳和常染色體隱性遺傳，但也有的多囊腎患者既非父母遺傳，也不屬於先天發育不良性多囊腎病，而是胚胎形成時的基因突變。在胚胎形成過程中，由於各種因素的作用，使基因發生了突變形成了多囊腎病，此種情況雖然很少見，但還是可以發生的，因此，有些多囊腎患者可以沒有父母遺傳史。
3、 各種感染
感染可使機體內環境發生異常變化，從而產生有利於囊腫基因發生變化的環境條件，使囊腫的內部因素活性增強，這樣便可促進囊腫的生成、長大;而身體任何部位的任何感染，又會通過血液進入腎臟從而影響囊腫，如囊腫發生感染，則除了使臨床症狀加劇外，還會促使囊腫進一步加快生長速度，並使腎功能損害加重等。常見的感染有上呼吸道感染(包括感冒)、尿路感染、腸胃道感染、皮膚感染、外傷感染、器械感染等等，即不管是細菌感染還是病毒感染，均可對囊腫產生很大影響。
4、 毒素
毒素作用於人體，可使各種細胞組織器官造成損傷，從而發生疾病，甚至危及生命，並且也是產生基因突變、先天發育異常等現象的主要原因之一。常見的毒素諸如農藥、某些化學藥劑、放射線、汙染等等。尤其需要指出，一些藥物也具有腎毒性，若使用不當則易造成腎損害，這些藥物包括：卡那黴素、慶大黴素、磺胺類、利福平、消炎痛、等西藥，以及蜈蚣、馬錢子等中藥。
