1、先天的發育不良
由先天發育不良可產生多種疾病，對於囊腫而言，主要可造成髓質海綿腎、發育不良性多囊腎病等，先天發育異常的基因一般沒有異常，因此它與基因遺傳或基因突變是有區別的。
2、基因突變非遺傳
對於多囊腎病來說，大多是通過父母基因遺傳的，分為常染色體顯性遺傳和常染色體隱性遺傳，但也有的多囊腎患者既非父母遺傳，也不屬於先天發育不良性多囊腎病，而是胚胎形成時的基因突變。在胚胎形成過程中，由於各種因素的作用，使基因發生了突變形成了多囊腎病，此種情況雖然很少見，但還是可以發生的，因此，有些多囊腎患者可以沒有父母遺傳史。
3、各種感染
感染可使機體內環境發生異常變化從而產生有利於囊腫基因發生變化的環境條件，使囊腫的內部因素活性增強，這樣便可促進囊腫的生成、長大;而身體任何部位的任何感染，又會通過血液進入腎臟從而影響囊腫，如囊腫發生感染，則除了使臨床症狀加劇外，還會促使囊腫進一步加快生長速度，並使腎功能損害加重等。常見的感染有上呼吸道感染包括感冒、尿路感染、腸胃道感染、皮膚感染、外傷感染、器械感染等等，即不管是細菌感染還是病毒感染，均可對囊腫產生很大影響。
4、毒素
毒素作用於人體，可使各種細胞組織器官造成損傷，從而發生疾病，甚至危及生命，並且也是產生基因突變、先天發育異常等現象的主要原因之一。
