藥物治療的特點是起效相對較快，療效比較確定，適合於中度、重度抑鬱症患者。抗抑鬱藥是當前治療各種抑鬱障礙的主要藥物，能有效解除抑鬱心境及伴隨的焦慮、緊張和軀體症狀，有效率約60%~80%。
目前一線的抗抑鬱劑包括SSRI類藥物，如帕羅西汀、舍曲林、氟西汀、西酞普蘭、氟伏沙明等，俗稱“五朵金花”，SSRI類不良反應較少而輕微，尤其是抗膽鹼能及心臟的不良反應少。常見的不良反應有噁心、嘔吐、厭食、便秘、腹瀉、口乾、震顫、失眠、焦慮及性功能障礙等。SNRI類藥物，如文拉法辛、度洛西汀，SNRI療效肯定，起效較快，有明顯的抗抑鬱及抗焦慮作用。對難治性病例亦有效。常見不良反應有噁心、口乾、出汗、乏力、焦慮、震顫、陽痿和射精障礙，大劑量時部分患者血壓可能輕度升高;NaSSAs類(NE和特異性5-HT能抗抑鬱藥)，如米氮平，有良好的抗抑鬱、抗焦慮及改善睡眠作用，口服吸收快，起效快，抗膽鹼能作用小，有鎮靜作用，對性功能幾乎沒有影響，常見不良反應為鎮靜、倦睡、頭暈、疲乏、食慾和體重增加;安非他酮，去甲腎上腺素、 5-羥色胺、多巴胺再攝取的弱抑制劑，對單胺氧化酶沒有抑制作用，適用於抑鬱症以及雙相抑鬱，優勢為對體重以及性功能影響小。常見的不良反應有：激動、口乾、失眠、頭痛或偏頭痛，噁心、嘔吐，便秘、震顫、多汗。
對於一些焦慮明顯、伴有睡眠障礙的患者，可以短期使用一些苯二氮卓類(安定類)藥物或者一些新型的助眠藥物，如唑吡坦、佐匹克隆。對於一些症狀嚴重，甚至伴有精神病性症狀的患者，可以合併抗精神病藥物治療。
