引起性交疼痛的原因很多，有生殖器官和泌尿系統的疾病、先天性畸形等。典型的病變是接近陰道後穹隆的子宮骶骨韌帶上有內膜異位結節，盆腔內炎症和腹膜臟器粘連，陰莖插入觸到結節上，在與陰道黏膜的摩擦過程中，使腹膜搖動而牽動臟器引起疼痛。另外，陰道特殊性過敏，如避孕工具的使用過敏，也會出現疼痛。新婚第一次交媾撕裂處女膜和擴張陰道口，也可使最初幾日產生痛楚和交媾稍有困難。新婚精神興奮以及帶來的忙碌勞累，也會使交媾不完全滿意，因而新婚後一般已過3～4周後才能達到滿意交媾的程度。倉促交媾，即在女性性興奮沒有完全喚起之前，陰道缺乏膨脹和潤滑，這時將陰莖插入，或動作稍猛地插入，常有引起暫時的疼痛，性興奮便會受到抑制，隨著陰莖的抽插摩擦，疼痛可能會加重，尤其是高度敏感的陰蒂部位。它具有豐富的血管和神經組織，在沒有性興奮和乾燥情況下，不僅會產生疼痛，而且心理上還會產生一種難以忍受的厭惡感。
在無器質性病變的情況下，性交疼痛主要是陰道潤滑不足造成的。性喚起不夠的原因主要有兩個方面：一是交媾準備工作不充分，即擁抱、接吻、愛撫等調情動作不夠;二是有交媾焦慮、恐懼、思想不集中，以及工作生活中帶來的抑鬱不快等。
