潛伏期為8至30天，平均為18天。多數患者無前驅症狀，但以耳下部腫脹為首發症狀，少數病例可有短暫的非特異性不適（數小時至2天），可出現肌肉痠痛、食慾不振、嗜睡、頭痛、低熱、結膜炎、咽喉炎等症狀。近10多年來，中國的流行性腮腺炎比以前嚴重，表現為發熱時間長，併發症多，門診中住院患兒比例高。
發病多為迅速，發熱、寒戰、頭痛、咽痛、食慾差、噁心、嘔吐、全身疼痛等。幾小時至1至2天后，腮腺明顯腫大。發燒的溫度從38到40℃不等，症狀的嚴重程度變化很大，一般來說，成年患者的症狀更嚴重。腮腺的腫脹最有特點，一側先腫，也有兩側同時腫的；一般以耳垂為中心，向前、向後、向下發展，呈梨形，質地堅韌，邊緣不明顯。腺體明顯增大時，腫脹疼痛，敏感度高，張口咀嚼和吃酸性食物時更明顯。皮膚緊張而有光澤，表面有灼熱感，但不發紅，觸之有輕度疼痛。腮腺周圍的細胞組織也可能出現水腫，一直到顳弓和顴弓，再到下頜和頸部，胸鎖乳突肌也可能受到影響（偶爾胸骨前也可能出現水腫），從而使外觀變形。
通常一側腮腺在腫脹後1至4天（偶爾1周後）受累，約75%的病例為雙側腫脹。下頜下腺或舌下腺也可同時受累。下頜下腺腫大，頸部明顯腫脹，頜下可摸到有輕度觸痛的橢圓形腺體：舌下腺也可同時受累。
腮腺導管口（位於上頜第二磨牙旁的口腔粘膜上）在早期階段常常發紅和腫脹。唾液分泌最初會增加，然後因瀦留而減少，但口乾症狀通常不明顯。
腮腺的腫脹大多在1～3天達到高峰，4～5天后繼續消退並恢復正常。整個病程約為10至14天。
非典型病例可表現為單純性睪丸炎或腦膜炎症狀，但無腮腺腫脹，或僅有頜下腺或舌下腺腫脹。
