關於多囊卵巢的發病原因，目前在醫學界還沒有甚麼權威的定論，不過仍幾種說法的認可度比較高：
1.遺傳因素
部分專家認為，多囊卵巢的一部分患者可能是以伴性顯性遺傳的方式延續這種疾病的。女性的第46號性染色體是XX，多囊患者的其中一個X可能有部分確實或者結構數目異常等情況的存在。
2.激素分泌原因
內環境激素水平的紊亂是造成多囊卵巢的主要原因之一，胰島素偏高、雄激素偏高、泌乳素偏高、瘦素偏高等都有可能引起代謝異常，導致發生多囊卵巢的症狀，比較複雜。
3.器官功能障礙
內環境是由內分泌工作線上的所有器官合作來維持的，任何一個環節出了點差子，都會使得整個機體的激素水平出現紊亂，所以說器官功能的障礙比單純的激素分泌不正常更加糟糕。比如說下丘腦和垂體、腎上腺皮質等等，病變不是一朝一夕能治理好的。
4.卵巢局部分泌調控機制異常
有的學者認為，多囊患者的卵巢能可能存在某些物質，可能會降低卵巢細胞對卵泡刺激素的吸收，從而抑制卵泡的發育。優勢的卵泡無法被順利地篩選出來，卵巢內多的是處於發育階段的不成熟卵泡。
5.肥胖
體脂主要影響的是瘦素的分泌，體脂比例越高，瘦素分泌得就越多，內分泌水平紊亂，很有可能發生多囊卵巢的病症。
