附睪囊腫往往是在常規體檢時偶然發現的，也可能是患者在洗澡或自我檢查陰囊內容物時發現的。如果附睪囊腫的體積相當大，配偶可能是第一個發現它的人，這多見於雙方從事性活動時。附睪囊腫也可以是多個並存在於陰囊的兩側，也可能涉及一側附睪。它們通常是毫無症狀的，但如果它們的體積特別大，就會引起睪丸疼痛、迫使病人尋求醫治。作為一個無痛的陰囊腫物，在鑑別診斷時必須考慮到鞘膜積液、精索靜脈曲張、附睪結核、附睪腫瘤、睪丸腫瘤等其他腫塊存在的可能性。
治療並不困難。如果體積不大，是自己或體檢時偶然發現的，平時毫無症狀，則無需治療，只要向患者進行詳細地解說和教育，解除思想顧慮即可。如果附睪囊腫造成併發症或成為病人焦慮的根源時，就應予以手術切除。過去採取的單純抽液並注入硬化劑使囊腫縮小的措施並不可靠，常可復發或造成感染，給將來的手術帶來困難，故現在多主張手術切除。由於手術很小，病人不會有很大痛苦。一個很小的陰囊切口足以移動、分離和切除囊腫，手術效果往往很好。手術時醫生將仔細把囊腫與睪丸和附睪分離開，然後完整地把它切除。手術時醫生會盡量仔細小心，以免壓迫和破壞睪丸的血液供應或破壞附睪與輸精管的連貫性。如果囊腫是開放的或術前抽吸過，液體將呈現稀薄、白色或混濁狀，在顯微鏡下檢查進可見不活動的精子。附睪囊腫手術切除帶來的併發症很輕微，也很少見，包括陰囊血腫，不育症(如果切除了附睪)，如果睪丸的血液供應受到影響，可以出現睪丸萎縮。不再需要生育的中老年患者，可以接受小劑量x射線局部照射，既能促進囊腫萎縮，也無明顯副作用。
