對於生殖器皰疹的治療，一般性治療，治療還不能徹底清除病毒，也不能阻止疾病的復發。治療的目的主要是緩解症狀，減輕疼痛，縮短病程及防止繼發感染等。
目前治療分一般性治療、抗病毒治療及中醫中藥治療，這些治療都是必要的。一般性治療事實上是對症治療，而抗病毒治療是對因治療，中醫中藥治療多通過辨證施治，標本兼治，有效地阻止復發。
一、一般療法
1、主要是保持局部清潔、乾燥及皰壁完整。可每天用等滲生理鹽水清洗，疼痛者可口服止痛藥，給予精神安慰。
2、併發細菌感染者，可外用抗生素藥膏。
3、局部疼痛明顯者，可用5%鹽酸利多卡因軟膏或口服止痛藥。
4、精神安慰，說明覆發的原因和如何治療及處理。
5、女性複發性生殖器皰疹須作婦科檢查以除外子宮頸癌。
二、抗病毒藥治療
1、無環鳥苷(阿昔洛韋片) 被認為是目前最有效的抗HSV藥物。病情嚴重者可靜脈給藥，劑量為每公斤體重5mg，每8小時1次，共5～7天。一般病人可口服，每次200mg，每日4～5次，共7～10天。嚴重者可靜脈滴注，外用無環鳥苷軟膏擦患處。
2、三氮唑核苷 是一種鳥嘌呤核苷的類似物，有抗DNA和RNA病毒的作用，每天服800mg，共10天，能減輕疼痛和縮短病程。
3、免疫刺激劑 口服左旋咪唑有一定的療效，但有報告效果不太肯定，體外發現干擾素對HSV有抑制作用，臨床治療作用尚在研究中。
