巧克力囊腫除了讓女性在每個經期痛苦萬分之外，引起的最大麻煩就是不孕。因為它會傷害到體內的組織，如果在腸胃附近，就會造成腹瀉腸胃疼痛。如果是在卵巢，就會影響到卵巢、輸卵管功能，造成不孕。嚴重的巧克力囊腫甚至從根本上顛覆女性做母親的天職。卵巢巧克力囊腫是最難治療的良性腫瘤，它到處粘連，四處流竄，每來一次月經，病情會加重一次，治療之後又很容易復發，纏綿難愈。
卵巢巧克力囊腫隨著病程的延長，囊腫內積血的不斷增加，囊腫體積也隨之增大。當囊腔內積血過多、壓力過高時，可撐破囊壁薄弱部分，發生囊腫自發性破裂，囊內流出部分積血，壓力降低後，囊壁破口常可自行癒合。經過若干時間後，囊內積血再次增多、壓力再次增大時，又可發生自發性破裂。囊腫破裂後流至盆腔內的積血，刺激腹膜，引起劇烈腹痛，並可造成盆腔器官的粘連。卵巢巧克力囊腫可以在沒有誘因情況下自發破裂，粗暴或劇烈的性生活，尤其是經前期性生活，常是常見 的導致囊腫破裂的重要誘因。
